一單化學武器交易，引來恐怖組織瓦干布的覬覦，進而演變為劇院挾持人質事件。正值休假的飛虎隊員張嘉軒(黃宗澤飾)、高子樂(吳卓羲飾)、余曉欣(蔡思貝飾)被牽連其中，與O記警探何家寶(陳瀅飾)一起被困現場。飛虎隊總指揮范少鋒(陳豪飾)臨危受命，在支援組組長張偉樺(張兆輝飾)的協助下，率飛虎隊與恐怖分子鬥智鬥勇。最終裡應外合，成功解除危機。然而，化學武器賣家身份成迷，恐怖分子仍在暗處蠢蠢欲動，香港面臨有史以來最大的安全危機。飛虎隊在營救一宗綁架案人質時誤墮陷阱，死傷慘重。前飛虎隊成員展博文(馬德鐘飾) 受命擔任新總指揮，並挑選飛虎及警隊各部門精英，組織特別小組S Team。面對重重危機，S Team 與國際刑警許俊飛(苗僑偉飾）一同聯手，極力阻止生化武器病毒在香港蔓延。
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